Le acque sotterranee sono protette in maniera naturale dagli strati che le ricoprono. Il suolo gioca un ruolo importante nella loro qualità a causa dell’effetto di filtro esercitato durante l’infiltrazione dell’acqua. Un suolo sano, profondo e biologicamente attivo è in grado di filtrare le particelle e gli agenti patogeni presenti nell’acqua, così come di trattenere e decomporre, almeno in parte, gli inquinanti che vi sono disciolti.

Le acque sotterranee sono messe in pericolo da sostanze inquinanti come pesticidi, fertilizzanti e altri microinquinanti provenienti

• dall’agricoltura
• dall’industria e da siti contaminati
• dagli insediamenti e dal traffico
• da fognature e stazioni di depurazione difettose
   

Anche l’estrazione di materiali, le costruzioni e il loro sfruttamento intensivo possono influenzare negativamente le acque sotterranee. 

Per preservare le risorse idriche sotterranee e gli ecosistemi a loro vincolati (biotopi, sorgenti, zone umide), è necessaria una protezione integrale delle acque sotterranee (tanto dal punto di vista qualitativo, quanto da quello quantitativo). La Confederazione definisce il quadro giuridico per la protezione delle acque. I Cantoni sono responsabili della sua applicazione.

Per giudicare lo stato e lo sviluppo delle risorse idriche sotterranee, come pure l’influenza delle attività umane, sono necessarie delle osservazioni costanti. L'Osservazione nazionale delle acque sotterranee NAQUA comprende più di 600 stazioni di misura.

Le acque sotterranee e tutti i fattori che hanno un influsso su di loro rientrano nel campo di studio dell’idrogeologia.